大学院での指導方針は卒研生と基本的に同じですが，より専門的になること，比重は研究に大きく傾く点が異なります．セミナーの使用テキストは個人の研究テーマに直結する物を選び，各自異なるテキストを読むことになります．
テキストの例
- “Mechanics of swimming and flying,” S. Childress
- 「非平衡系の物理学」太田隆夫
- “Local Bifurcations, Center Manifolds, and Normal Forms in Infinte-Dimensional Dynamical Systems,” M. Haragus and G. Ioos
- “Dynamic Mode Decomposition: Data-Driven Modeling of Complex Systems,” J.N.Kutz, S.L.Brunton, B.W.Brunton, J.L.Proctor
や，研究に関連した原論文(レビュー論文等)などです. 研究の背景をしっかり学ぶことで，地に足のついた研究が可能になると思っています．
研究テーマ選びに関しても学部と同じですが，より大きな問題に取り組むことになります．研究会・学会での発表も推奨しています．自分の研究成果を発表し，他大学の関連研究者（学生・教員かかわらず）と対等な立場で議論したり，交流したりすることは大変楽しく，またモチベーションも上がると思っています．
当研究室の大学院生の活躍については，こちらを御覧ください．