大学院での指導方針は卒研生と基本的に同じですが，より専門的になること，比重は研究に大きく傾く点が異なります．セミナーの使用テキストは個人の研究テーマに直結する物を選び，各自異なるテキストを読むことになります．
テキストの例
- “Mechanics of swimming and flying,” S. Childress
- 「非平衡系の物理学」太田隆夫
- “Local Bifurcations, Center Manifolds, and Normal Forms in Infinte-Dimensional Dynamical Systems,” M. Haragus and G. Ioos
- “Dynamic Mode Decomposition: Data-Driven Modeling of Complex Systems,” J.N.Kutz, S.L.Brunton, B.W.Brunton, J.L.Proctor
や，研究に関連した原論文(レビュー論文等)などです. 研究の背景をしっかり学ぶことで，地に足のついた研究が可能になると思っています．
研究テーマ選びに関しても学部と同じですが，より大きな問題に取り組むことになります．研究会・学会での発表も推奨しています．自分の研究成果を発表し，他大学の関連研究者（学生・教員かかわらず）と対等な立場で議論したり，交流したりすることは大変楽しく，またモチベーションも上がると思っています．
修士論文タイトル(一部)
- 「微生物遊泳の鞭毛依存性に関する流体力学的解析」2018
- 「PIVを用いたミドリムシ局在生物対流の形成過程における流れ構造解析」2019
- 「非定常流れの構造依存性に基づく凹凸形状の流体力学的特徴づけについて」2020
- 「ミドリムシの光応答運動の解析：数理モデルと３D 軌道解析実験の比較」2024
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